十六届三中全会在体制上清除了非公经济发展的障碍。但在实践中发现，一些地方政府和部门的行为仍然在一定程度上阻碍了非公经济的发展，主要表现在以下几个方面：
一是对非公经济的发展重视不够。（1）没有做到一视同仁。对待本地非公企业，没有与其它所有制 企业和外地来投资办厂企业一视同仁，使本地非公企业失去许多发展机会。（2）重大轻小。政府 往往关注较大的或重点的非公企业，忽略了众多中小企业发展对经济产生的巨大作用。（3）对非 公经济发展缺乏科学指导。政府如何通过产业政策引导非公经济发展缺乏指导性和科学性，致使地 区主导产业不突出，产业内部和区域内部以及企业之间分工协作不紧密。（4）中介组织和机构发 展不重视。对提供融资、技术、咨询、物流、法律、财务、信息等中介部门和行业协会的发展支持 不够，致使政府职能不能有序转移。（5）对非公经济主体的培训和教育缺乏，使得许多业主经营素质得不到提高，各种违法和侵害事件屡屡发生。
二是政策落实存在断层。（1）优惠政策宣传不到位。据某市经济环境发展投诉中心调查，经济主体 认为优惠政策“不到位”的有29.7%，认为“一般的”有34.19%。（2）政策的稳定性 和连续性不强。有的政策出台后缺乏稳定性，政府工作重点转变了政策也跟着变；有的政策出台没 有考虑到前后的连续性，后面的优惠政策反而不如前面。（3）政策落实出现“断层”。一是有的 政策出台后，有关部门没有及时制订具体可行的实施细则；二是有的政策尽管有了操作办法，但在执行过程中存在打折扣甚至不落实现象。
三是创业环境有待进一步提高。（1）行政管理和行政执法存在的问题仍然较多。尤其是对“执法队 伍服务素质不高”、“中间梗阻”、“政府管理机制没理顺”、“行政效能低下”、“多头审批程 序繁琐”、“对违纪人员处理不力”、“政策法规不适应”、“领导重视不够”、“暗箱操作”等 问题反映强烈。（2）“中梗阻”现象严重。调查还显示，认为“办事难”难在办事员的有56. 99%，即“科员现象”；认为是中层干部的占30.8%。此外，被调查者中有近46.2%的 认为执法部门有粗暴干扰企业的现象。（3）市场准入门槛仍较高。如金融服务、垄断行业、市政 公用事业、社会事业、基础设施等领域，依然存在诸多限制非公经济进入的条框。（4）融资渠道较窄。融资难的问题依然是困扰……
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